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Tutoriais

[2025] Migração de dados

29 de julho de 2025

Para as instituições que já possuem o AtoM instalado, o próximo passo é migrar os dados antigos para nova instalação da ferramenta. Tal como os procedimentos anteriores, este foi baseado no tutorial oficial.

MIGRAÇÃO DE DADOS

Restauração do backup dos arquivos

Após instalar o AtoM, é necessário realizar a migração de dados da versão anterior. Para isso, deve-se realizar um backup dos arquivos e do banco de dados do servidor de hospedagem anterior. Este backup deve contemplar os arquivos da aplicação e de banco de dados. Para copiar todo o AtoM anterior, pode ser utilizado o seguinte comando (pode ser necessário adaptar os caminhos dos diretórios para a realidade da instituição):

tar -cvzf atom.tgz /usr/share/nginx/atom

O banco de dados, por sua vez, pode ser exportado com o seguinte comando:

mysqldump -uroot -p atom > atom.sql

IMPORTANTE: Esse tutorial considera que esse backup já foi realizado. Os arquivos da aplicação foram compactados em um arquivo .tgz e o banco de dados exportado em um arquivo .sql.

Assim sendo, baixe os arquivos para o servidor que está configurando, usando wget. Antes, porém, certifique-se de que está dentro do diretório /home:

cd /home/fiocruz/
wget https://www.blogbasearch.coc.fiocruz.br/wp-content/uploads/arquivos/2025/atom-2.8.2.tgz
wget https://www.blogbasearch.coc.fiocruz.br/wp-content/uploads/arquivos/2025/atom-2.8.2.sql

Depois de baixar os arquivos, não esqueça de transformar seu usuário em super usuário:

sudo su

Antes de importar o banco, recomenda-se ampliar a memória do MySQL para que o processo ocorra com mais velocidade. Isso pode ser feito acessando o prompt do MySQL:

mysql -uroot -p

E executar o seguinte comando:

SET GLOBAL innodb_buffer_pool_size=2402653184;

Para verificar se a alteração teve efeito, basta rodar a seguinte query, ainda no prompt do Mysql:

SELECT @@innodb_buffer_pool_size/1024/1024/1024;

E depois sair do MySQL:

exit;

 

Depois, execute os seguintes comandos:

– Para descompactar o arquivo atom.tar:

tar -xvzf atom-2.8.2.tgz

– Para transferir os objetos digitais e inventários:

sudo mv atom/r /usr/share/nginx/atom
sudo mv atom/uploads/* /usr/share/nginx/atom/uploads
sudo mv atom/downloads/* /usr/share/nginx/atom/downloads

– Para remover os jobs anteriores – do outro servidor – que foram copiados anteriormente:

sudo rm -f /usr/share/nginx/atom/downloads/jobs/*

Transferência do backup do banco de dados

Em primeiro lugar, é necessário remover o banco de dados atual (que está vazio, pois foi criado recentemente) com o seguinte comando:

sudo mysql -u root -p -e "DROP DATABASE IF EXISTS atom;"

Depois, deve-se criar um novo banco de dados – vazio:

sudo mysql -u root -p -e "CREATE DATABASE atom CHARACTER SET utf8mb4 COLLATE utf8mb4_0900_ai_ci;"

E então carregar o banco de dados do AtoM anterior, em que foi feito backup:

sudo mysql -u root -p atom < atom-2.8.2.sql

Execução da tarefa de migração

A tarefa de migração foi programada para ser feita a partir do Framework Symfony. Logo, é essencial que seja realizada dentro do diretório da aplicação:

cd /usr/share/nginx/atom

Dentro do diretório, execute o seguinte comando:

sudo php -d memory_limit=-1 symfony tools:upgrade-sql

Configurações adicionais

Como foram feitas cópias de arquivos com o usuário root, devemos redefinir as permissões do diretório para o usuário www-data:

chown -R www-data:www-data /usr/share/nginx/atom

Gere novamente as referências para os objetos digitais (isso é importante principalmente para que migra de versões 1.x):

php symfony digitalobject:regen-derivatives

Para que as alterações tenham efeito, é necessário reindexar a pesquisa, considerando os arquivos importados para o banco de dados e limpar o cache do aplicativo, com os comandos:

php -d memory_limit=-1 symfony search:populate

Vamos limpar o cache com nosso script:

./refresh.sh

É necessário também reiniciar outros serviços, para garantir que tudo funcione corretamente, como orienta a documentação oficial do AtoM:

sudo systemctl restart memcached
sudo systemctl restart atom-worker
sudo systemctl status atom-worker

Por fim, devemos ajustar a URL base do sistema. Essa URL é usada em exportações e, no nosso caso, pode estar apontando para um local inapropriado. Para ajustar, deve-se acessar a área administrativa do AtoM e no menu principal localizado na barra de cabeçalho, acionar a opção “admin” e selecionar Configurações/Definições. Na aba “Informações do site”, basta conferir se URL base está correta: “127.0.0.1”.

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[2025] Principais demandas de manutenção

29 de julho de 2025

Além de informações sobre a organização e estrutura do AtoM em mais detalhes [link pendente], listamos aqui algumas das principais demandas de manutenção que recebemos dos usuários da Base Arch na COC. Sugerimos fortemente que aqueles que já possuem alguma experiência, que tragam suas demandas para discutirmos em conjunto.

 

Comandos básicos de manutenção

A documentação oficial do AtoM apresenta uma lista extensa de comandos a serem executados no prompt, que ajudam a solucionar vários problemas do AtoM, bem como executar ações normalmente não são suportadas na interface do usuário ou que demoram muito tempo para serem executadas via interface.

A intenção aqui é destacar apenas alguns desses comandos, sem listar todas as possibilidades. Sugerimos FORTEMENTE que acessem a documentação oficial mantida pela Artefactual, sempre que enfrentarem um problema. A consulta à fonte oficial é fundamental para garantir que os procedimentos adotados estejam atualizados e de acordo com as boas práticas recomendadas pela equipe desenvolvedora do AtoM.

Embora não seja muito comum, é possível que alguns comandos mudem de uma versão para outra do AtoM. Por isso, é essencial consultar sempre a documentação correspondente à versão que está instalada em seu ambiente, evitando assim a execução de comandos obsoletos ou incompatíve

Algumas ações de manutenção que já precisaram ser executadas em nosso ambiente foram:

  • Limpar o cache da aplicação: após qualquer alteração no AtoM, é fundamental limpar o cache para que as mudanças tenham efeito. Em alguns casos, pode ser necessário repetir o procedimento duas vezes e reiniciar o serviço do PHP. Para facilitar esse processo, criamos o script refresh.sh, apresentado anteriormente.;
  • Descobrir a versão do AtoM em execução;
  • Gerenciar contas de usuários, como promover um usuário comum para administrador, redefinir senhas ou criar novos usuários com permissões administrativas;
  • Regerar derivações de imagens (thumbnails e visualizações);
  •  Reindexar textos de PDFs, para torná-los pesquisáveis no sistema;
  • Gerar ou renomear slugs;
  • Corrigir problemas na estrutura hierárquica de descrições e termos, quando as relações entre itens (pai e filho) ficam desorganizadas (útil quando o sistema começa a exibir itens fora de ordem ou com erros);
  • Reindexar totalmente o sistema para restaurar resultados de busca ou corrigir problemas na navegação (muito frequente);
  • Limpar dados temporários e cache para resolver falhas de carregamento ou de exibição;
  • Corrigir e organizar termos duplicados na taxonomia, unificando entradas iguais (como dois termos “Rio de Janeiro” em “Lugares”), ajustando automaticamente as referências para manter os dados consistentes;
  • Atualizar o status de publicação das descrições (útil para fundos ou coleções grandes, que levam muito tempo para serem publicadas manualmente pela interface);
  • Excluir uma descrição e seus objetos digitais vinculados;
  • Resolver problmas de integridade de dados;
  • Excluir dados temporários (áreas de transferência salvas, registro de acesso e downloads);
  • Executar um script PHP genérico para os casos em que seja necessário manipular dados e não existam tarefas pré-existentes (nunca fizemos, mas é bem interessante).

Link para todos os comandos de linha da versão 2.9: https://www.accesstomemory.org/pt-br/docs/2.9/admin-manual/maintenance/cli-tools/#maintenance-cli-tools

Como traduzir termos da interface

A tradução de termos na interface do AtoM não é uma tarefa trivial. Isso porque o AtoM apresenta diferentes formas de traduzir os conteúdos, conforme foi apresentado na aula sobre visão geral da área administrativa: via menu, via configurações e no arquivo XML. Propomos que todos tentem realizar as três formas de tradução.

Tradução via menu

Vamos ajustar o termo “instituição arquivistica” (ilustrado na Figura 1) para “entidade custodiadora”, conforme orientação indicada por Kalinka em uma das aulas. Para tal, deve-se acessar a interface administrativa do AotM com um usuário com perfil de administrador e navegar até o menu Administrador > Menus. Como apresentado nos slides da visão geral da área administrativa (slide 12), o menu correspondente a esta área, no tema da Base Arch, é o browse.

Captura de telas do menu de acesso ao conteúdo com todos os itens: descrições arquivísticas, registros de autoridade, Entidade custoriadora, Funções, Assuntos, Locais, Objetos Digitais

Figura 1: Menu de acesso ao conteúdo no tema da Base Arch

Acesse o item browseRepository, destacado na Figura 2, e modifique o termo conforme indicado anteriormente.

Captura de tela de interface de sistema arquivístico. À esquerda, há uma lista com quatro itens em inglês e letras vermelhas: “browse”, “browseInformationObjects”, “browseActors” e “browseRepositories”, este último destacado com um retângulo vermelho. À direita, há a tradução de cada termo em português: “Navegar”, “Descrições arquivísticas”, “Registros de autoridade” e “Instituição arquivística”.

Figura 2: Item de menu a ser alterado

Tradução via configurações

Apesar da mudança no menu, alguns termos da interface referente a entidade custediadora continuarão com problema (conforme Figura 3), pois é necessário também ajustar a “Etiqueta de interface do usuário”.

Captura de tela de interface de busca. Na parte superior, há a frase “Mostrando 1 resultados”. Abaixo, há o título “Instituição arquivística” destacado por um retângulo vermelho. Logo abaixo do título, aparece um campo de busca com o texto “Buscar instituição arquivística” e um ícone de lupa à direita.

Figura 3: Termo continua sem tradução em outras áreas da interface

Para tal, deve-se acessar o menu Administrador > Configurações e na lateral, o item Etiqueta de interface do usuário. Então, é só ajustar o termo para “Entidade custodiadora”

Captura de tela de uma tabela com duas colunas, intituladas “Nome” e “Valor”. A tabela apresenta quatro linhas. Na coluna “Nome” estão os termos: informationobject, actor, creator e repository. Na coluna “Valor”, correspondem respectivamente os termos: Descrição arquivística, Registro de autoridade, Produtor e Instituição arquivística. A última célula da coluna “Valor”, que contém o texto “Instituição arquivística”, está destacada com um retângulo vermelho.

Figura 4: Área que permite alteração de alguns elementos da interface

Tradução via barra de tradução da interface

A maioria dos outros elementos da interface são traduzíveis via barra azul, posicionada na base da página (Figura 5).

Captura de tela de trecho da interface. À esquerda, há uma faixa azul e, à direita, uma faixa preta contendo o texto “TRADUZIR INTERFACE DE USUÁRIO” em letras maiúsculas e na cor branca.

Figura 5: Barra de tradução do AtoM

Neste caso, basta buscar o elemento a ser traduzido e colocar o texto em português, como ilustra a Figura 6.

Captura de tela de uma interface de tradução de sistema. No canto esquerdo, há um menu vertical com seções em vermelho e uma lista de itens em preto, incluindo “Início”, “Idiomas (I18n)” e “Autenticação LDAP”. À direita, há uma tabela com duas colunas, “Nome” e “Valor”. No topo da coluna “Nome”, está destacado com um retângulo vermelho o texto em inglês: “Limit authenticated functionality to one or more IP addresses, separated by semicolons.”. Abaixo da tabela, há uma área com o texto original em inglês à esquerda e um campo vazio à direita para inserção da tradução, acima do botão “Salvar tradução”.

Figura 6: Preenchimento da traduçao via recurso na interface administrativa

Lembrando que a barra de tradução só é exibida para usuários com permissão de tradutor e administrador.

Tradução via arquivo XML

Apesar do recurso presente na interface administrativa, nem todo conteúdo é passível de tradução no sistema. Isso acontece porque, por algum motivo, alguns termos da interface não estão presentes no arquivo de tradução. Vamos trabalhar com um exemplo. No menu Administrador > Configurações e no menu lateral: “Elementos padrões da página”, tente encontrar e traduzir o termo “Digital object carousel”. Ele não está disponível. Por isso, precisamos acessar o arquivo XML de tradução, via prompt para fazer o ajuste.

Acesse o diretório do atom:

cd /usr/share/nginx/atom

Edite o arquivo de tradução do idioma pt-BR:

nano apps/qubit/i18n/pt_BR/messages.xml

Procure pela entrada (o termo em inglês) via CTRL + W do nano. Se não encontrar (não vai), inclua uma nova entrada no final do documento (antes do </body>):

<trans-unit id="note01" xml:space="preserve">
    <source xml:space="preserve">Digital object carousel</source>
    <target xml:space="preserve" state="final">Carrossel de objeto digital</target>
    <note>Termo não presente na versão 2.9.2</note>
</trans-unit>

Saia do nano com CTRL + X (salvando a alteração) e reinicie o cache e os serviços com o ./refresh.sh

./refresh

Importante: Se o texto da tradução contiver caracteres especiais, esses devem ser digitados usando caracteres em hexadecimal do padrão HTML/XML.

A Figura 8, a seguir, detalha a estrutura do item no arquivo XML.

Captura de tela de um trecho de código XML com anotações em vermelho sobre fundo roxo escuro. O bloco `<trans-unit id="novo01">` contém três elementos: `<source xml:space="preserve">Digital object carousel</source>`, `<target xml:space="preserve">Carrossel de objetos digitais</target>` e `<note>Termo não presente nativamente na versão 2.9.2</note>`. Uma seta aponta para o atributo `id="novo01"` com a observação “Deve-se incluir um id. Sugestão: Crie um padrão”. Outra seta identifica o conteúdo de `<source>` como “Termo original” e o de `<target>` como “Tradução”. Abaixo da linha `<note>`, há a anotação “Nota para fins de documentação”.

Figura 8: Explicação de cada elemento do XML de tradução

Erro do ElasticSearch: log imenso

Já enfrentamos problemas com o Elasticsearch, pois ele pode gerar arquivos de log muito grandes em pouco tempo. Em alguns casos, os logs ocuparam mais de 64 GB do disco em apenas uma semana, comprometendo todo o armazenamento da máquina. Pedimos ajuda, na ocasião, no grupo de usuários do AtoM, mas não tivemos um retorno que resolvesse a questão em definitivo. Diante disso, configuramos um script no cron do Linux para excluir periodicamente os arquivos de log do Elasticsearch, como uma solução paliativa para evitar que o sistema ficasse sem espaço em disco até encontrarmos uma abordagem mais adequada e definitiva. O comando usado para exclusão foi o:

rm /var/log/elasticsearch/* -R

Link para discussão no grupo do Atom Usershttps://groups.google.com/g/ica-atom-users/c/hGhFcj208n8/m/dgdS2OhXBAAJ

Caso queira saber a quantidade de espaço em disco que o ElasticSearch de sua instalação ocupa, basta acessar o diretório de logs do ElasticSearch e rodar o comando a seguir:

cd /var/log/elasticsearch/
du -sh

Instalar Google Analytics

Para rastrear o tráfego e a atividade da sua instância de AtoM, o ID de rastramento do Google Analytics deve ser adicionado no arquivo de configuração config/app.yml conforme ilustrado na Figura 9:

Captura de tela de um trecho de código de configuração. No topo, há três linhas de comentários em azul claro com instruções para configuração do Google Analytics, incluindo a definição de uma chave de API da propriedade GA e um exemplo no formato "UA-1234567-89". Abaixo, há uma linha de código em branco com o parâmetro `google_analytics_api_key:` seguido de um cursor de digitação em verde, indicando que o campo está pronto para receber um valor. O fundo é preto, típico de um terminal ou editor de código com tema escuro.

Figura 9: Trecho do arquivo de configuração para inclusão do ID do Google Analytics

Para ajustar este arquivo, acesse o arquivo app.yml com o comando a seguir e incorpore o código da sua instalação na variável google_analytics_api_key:

nano /usr/share/nginx/atom/config/app.yml

Miniatura de PDF

Em algumas versões do AtoM, pode ocorrer de as miniaturas (thumbnails) geradas a partir de arquivos PDF não aparecerem, mesmo após a execução do comando para regerar as derivativas (php symfony digitalobject:regen-derivatives).

Ao pesquisarmos na lista de discussão AtoM Users, encontramos relatos de que isso pode estar relacionado a uma mudança nas configurações de segurança do ImageMagick. Em uma atualização recente, o suporte a formatos Ghostscript (como PDF) foi desabilitado por padrão.

A orientação é reativar esse suporte comentando (ou removendo) uma linha específica do arquivo policy.xml. Para tal, acesse-o:

 /etc/ImageMagick-6/policy.xml

E comente (ou delete) a linha a seguir:

<policy domain="coder" rights="none" pattern="PDF" />

Após essa alteração, execute o script refresh.sh para limpar o cache e reiniciar os serviços:

./refresh.sh

Gere novamente as derivativas:

php symfony digitalobject:regen-derivatives

E reconstrua o índice de busca:

php -d memory_limit=-1 symfony search:populate

Não acessa imagens do diretório “r” da raiz

Na nossa base Arch, muitas imagens ficam dentro do diretório /r/ da raiz do sistema. E sempre precisamos lembrar de migrá-las quando atualizamos de uma versão para outra. Na nossa última migração tivemos que fazer algumas alterações, pois para reconhecê-las deve-se incluir o diretório em uma das entradas do arquivo de configurações do nginx. Assim, basta acessá-lo em:

/etc/nginx/sites-available/atom

Deve-se alterar a linha a seguir:

location ~* ^/(css|dist|js|images|plugins|vendor)/.*\.(css|png|jpg|js|svg|ico|gif|pdf|woff|woff2|otf|ttf)$ {

}

Para:

location ~* ^/(css|dist|js|images|plugins|r|vendor)/.*\.(css|png|jpg|js|svg|ico|gif|pdf|woff|woff2|otf|ttf)$ {

}

Páginas com histórico das alterações feitas nas versões e de acompanhamento de bugs

O AtoM possui uma página específica para o anúncio de novas versões, onde são detalhados os novos recursos, melhorias e correções de bugs incluídos em cada atualização do ICA-AtoM e do AtoM.
Está neste link: https://wiki.accesstomemory.org/wiki/Releases/Release_announcements.

Outra página bastante útil é o bug tracker oficial do AtoM, onde é possível encontrar, relatar e acompanhar bugs, além de discutir melhorias e acompanhar o desenvolvimento da aplicação. Está disponível no seguinte link: https://github.com/artefactual/atom/issues.

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[2025] Configuração e personalização básica

25 de julho de 2025

Ajustar idioma padrão

Após instalar o AtoM, sugere-se configurar a região e o idioma (language) padrão do sistema. Primeiro, devemos acessar o ambiente administrativo do AtoM (com login e senha definidos anteriormente) e adicionar o português do Brasil como idioma padrão. Para tal, acesse a área de administrador representada pelo ícone de roldana e, posteriormente, o item Settings, conforme ilustra a Figura 2.

Captura de tela com destaque à roldana que representa a área de configurações. E ao item de menu "Settings"

Figura 1: Menu de configurações do AtoM

Em seguida, acesse o item de menu I18n languages na lateral esquerda e adicione o idioma “Brazilian Portuguese”. Caso não vá utilizar outros idiomas, detele os demais (só não é possível deletar o inglês).

Após acrescentar o idioma, volte para o prompt, e defina-o como idioma padrão do sistema. Para tal, você deve acessar o diretório do atom:

cd /usr/share/nginx/atom

E alterar o arquivo settings.yml, com o comando a seguir:

sudo nano /usr/share/nginx/atom/apps/qubit/config/settings.yml

 

As informações a serem alteradas são default_culture e default_timezone, que devem passar a ser pt_BR e America/Sao_Paulo, conforme ilustra a Figura 2, a seguir.

Captura de telas do arquivo de configuração do AtoM

Figura 2: Trecho do arquivo settings.yml com as configurações que devem ser aplicadas.

IMPORTANTE: Em arquivos YML, é fundamental que indentação seja respeitada, uma vez que a mesma tem função semântica. Portanto, cuidado com espaços e tabs indesejados ao manipular arquivos com extensão .yml.

Após ajustar as configurações, é necessário limpar o cache da aplicação e reiniciar os serviços com o comando:

./refresh.sh

 

Mesmo sem conteúdo cadastrado, para que o idioma português do Brasil seja carregado como padrão e corretamente, deve-se executar este comando:

php symfony search:populate

 

Instalação do tema da Base Arch

Caso queira uma experiência personalizada do AtoM, sugerimos instalar o tema da base Arch, seguindo as seguintes instruções:

1. Acesse o diretório do seu usuário Linux:

cd /home/fiocruz

2. Faça download da última versão do tema:

wget http://blogbasearch.coc.fiocruz.br/wp-content/uploads/arquivos/2025/arBaseArchPlugin.tgz

3. Descompacte os arquivos do tema:

tar -xvzf arBaseArchPlugin.tgz

4. Copie o conteúdo para o diretório de plugins:

cp arBaseArchPlugin /usr/share/nginx/atom/plugins/ -R

5. Atualize as permissões do diretório do AtoM:

sudo chown -R www-data:www-data /usr/share/nginx/atom

6. Dê um refresh, para limpar o cache e reiniciar os serviços:

./refresh.sh

 

Depois, acesse a interface administrativa e no menu administrador (ícone de roldana), acesse a opção Temas. O novo tema adicionado será exibido na listagem. Basta ativá-lo em Habilitado e acionar o botão Salvar no fim da página (Figura 3).

Captura de tela da página de temas do AtoM. São exibidos todos os temas: arBaseArchplugin, arDominionB5Plugin, arArchivesCanadaPlugin e arDominionPlugin. O primeiro está em destaque em relação aos demais

Depois de selecionar o tema, é importante ativar a exibição do título do site. Para isso, deve-se acessar o menu Administrador e depois Definições. No menu que aparece na lateral esquerda, deve-se selecionar: Elementos padrões da página e marcar o Título para ser exibido, conforme ilustra a Figura 4.

Captura de telas com a página onde pode-se selecionar os elementos padrão da página no Atom. Em destaque o checkbox que permite visualização do título.

Pronto, o tema da Base Arch estará instalado e devidamente configurado!

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[2025] Instalação do AtoM 2.9

24 de julho de 2025

Depois de instalar todas as dependências, devemos fazer download do pacote AtoM. Existem duas maneiras de fazê-lo: via download de um pacote em formato tar.gz ou via repositório git. As instruções apresentadas nesse tutorial dizem respeito ao download de arquivo tar.gz. Para informações sobre a instalação via repositório do git, consulte a documentação oficial.

Cabe ressaltar que todos os procedimentos aqui relatados são baseados no processo oficial de instalação do AtoM, fornecido pela Artefactual no blog Access to Memory.
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Migração de dados

18 de julho de 2024

Para as instituições que já possuem o AtoM instalado, o próximo passo é migrar os dados antigos para nova instalação da ferramenta. Tal como os procedimentos anteriores, este foi baseado no tutorial oficial.

MIGRAÇÃO DE DADOS

Restauração do backup dos arquivos

Após instalar o AtoM, é necessário realizar a migração de dados da versão anterior. Para isso, deve-se realizar um backup dos arquivos e do banco de dados do servidor de hospedagem anterior. Este backup deve contemplar os arquivos da aplicação e de banco de dados. Para copiar todo o AtoM anterior, pode ser utilizado o seguinte comando (pode ser necessário adaptar os caminhos dos diretórios para a realidade da instituição):

tar -cvzf atom.tgz /usr/share/nginx/atom

O banco de dados, por sua vez, pode ser exportado com o seguinte comando:

mysqldump -uroot -p atom > atom.sql

IMPORTANTE: Esse tutorial considera que esse backup já foi realizado. Os arquivos da aplicação foram compactados em um arquivo .tgz e o banco de dados exportado em um arquivo .sql.

Assim sendo, baixe os arquivos para o servidor que está configurando, usando wget. Antes, porém, certifique-se de que está dentro do diretório /home:

cd /home/fiocruz/
wget https://www.blogbasearch.coc.fiocruz.br/wp-content/uploads/2024/07/atom.tgz
wget https://www.blogbasearch.coc.fiocruz.br/wp-content/uploads/2024/07/atom.sql

Depois de baixar os arquivos, não esqueça de transformar seu usuário em super usuário:

sudo su

Antes de importar o banco, recomenda-se ampliar a memória do MySQL para que o processo ocorra com mais velocidade. Isso pode ser feito acessando o prompt do MySQL:

mysql -uroot -p

E executar o seguinte comando:

SET GLOBAL innodb_buffer_pool_size=2402653184;

Para verificar se a alteração teve efeito, basta rodar a seguinte query, ainda no prompt do Mysql:

SELECT @@innodb_buffer_pool_size/1024/1024/1024;

E depois sair do MySQL:

exit;

 

Depois, execute os seguintes comandos:

– Para descompactar o arquivo atom.tar:

tar -xvzf atom.tgz

– Para transferir os objetos digitais e inventários:

sudo mv atom/r /usr/share/nginx/atom
sudo mv atom/uploads/* /usr/share/nginx/atom/uploads
sudo mv atom/downloads/* /usr/share/nginx/atom/downloads

– Para remover os jobs anteriores – do outro servidor – que foram copiados anteriormente:

sudo rm -f /usr/share/nginx/atom/downloads/jobs/*

Transferência do backup do banco de dados

Em primeiro lugar, é necessário remover o banco de dados atual (que está vazio, pois foi criado recentemente) com o seguinte comando:

sudo mysql -u root -p -e "DROP DATABASE IF EXISTS atom;"

Depois, deve-se criar um novo banco de dados – vazio:

sudo mysql -u root -p -e "CREATE DATABASE atom CHARACTER SET utf8mb4 COLLATE utf8mb4_0900_ai_ci;"

E então carregar o banco de dados do AtoM anterior, em que foi feito backup:

sudo mysql -u root -p atom < atom.sql

Execução da tarefa de migração

A tarefa de migração foi programada para ser feita a partir do Framework Symfony. Logo, é essencial que seja realizada dentro do diretório da aplicação:

cd /usr/share/nginx/atom

Dentro do diretório, execute o seguinte comando:

sudo php -d memory_limit=-1 symfony tools:upgrade-sql

Configurações adicionais

Como foram feitas cópias de arquivos com o usuário root, devemos redefinir as permissões do diretório para o usuário www-data:

chown -R www-data:www-data /usr/share/nginx/atom

Para que as alterações tenham efeito, é necessário reindexar a pesquisa, considerando os arquivos importados para o banco de dados e limpar o cache do aplicativo, com os comandos:

php -d memory_limit=-1 symfony search:populate

Vamos limpar o cache com nosso script:

./refresh.sh

É necessário também reiniciar outros serviços, para garantir que tudo funcione corretamente, como orienta a documentação oficial do AtoM:

sudo systemctl restart memcached
sudo systemctl restart atom-worker
sudo systemctl status atom-worker

Por fim, devemos ajustar a URL base do sistema. Essa URL é usada em exportações e, no nosso caso, pode estar apontando para um local inapropriado. Para ajustar, deve-se acessar a área administrativa do AtoM e no menu principal localizado na barra de cabeçalho, acionar a opção “admin” e selecionar Configurações/Definições. Na aba “Informações do site”, basta conferir se URL base está correta: “127.0.0.1”.

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Instalação do AtoM 2.8.2

15 de julho de 2024

Depois de instalar todas as dependências, devemos fazer download do pacote AtoM. Existem duas maneiras de fazê-lo: via download de um pacote em formato tar.gz ou via repositório git. As instruções apresentadas nesse tutorial dizem respeito ao download de arquivo tar.gz. Para informações sobre a instalação via repositório do git, consulte a documentação oficial.

Cabe ressaltar que todos os procedimentos aqui relatados são baseados no processo oficial de instalação do AtoM, fornecido pela Artefactual no blog Access to Memory.
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Instalação e preparo de máquina virtual

15 de julho de 2024

Neste post, apresentamos orientações sobre como instalar e preparar uma máquina virtual para nosso treinamento. Esse preparo é necessário para que você consiga acompanhar as atividades práticas do curso.

Em primeiro lugar, vocês devem instalar o VMWare Player (versão gratuita) em seu computador. O arquivo de instalação pode ser obtido em diretamente no site do VMWare ou neste link (versão 17.6.3 para Windows – arquivo com 200MB).

Após instalar o VMWare, incorpore a maquina virtual (Treinamento AtoM) disponível neste espaço (arquivo com 3.8GB). Para incoporar a máquina virtual (VM), você deve descompactar o arquivo baixado e, posteriormente acionar, no VMWare Player, o item “Open Virtual Machine“, que aparece na tela inicial da aplicação. Depois de selecionar o arquivo .VMX correspondente, uma mensagem de alerta (“This virtual machine appears to be in use …“) será exibida e deve-se acionar o botão “Take Ownership“. A máquina virtual Treinamento será exibida na listagem e basta clicar em “Play virtual machine” para iniciá-la.

Uma mensagem será exibida na sequência:  “This virtual machine might have been moved or copied …“, basta selecionar a opção “I Copied It“. Pronto! A máquina virtual será iniciada com o usuário fiocruz, conforme ilustra a figura a seguir. A senha definida para este usuário é 12345.

Captura de tela do Ubuntu.

Observação importante: A máquina virtual em questão foi configurada para operar com 4096GB de memória, no entanto, o sistema AtoM deve operar com, no mínimo 7GB. Caso sua máquina possua memória o suficiente, sugiro ajustar a memória da VM para 8GB ou superior. Isso pode ser feito na área de configuração da máquina virtual, acessada ao clicar na VM e em “Edit virtual machine settings“. A área de configuração de memória é exibida e pode ser ajustada conforme necessário.

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